清朝初年，由于清朝统治者的力量有所欠缺。为了能够直接控制南方各省，玄烨下令将那些汉人降将有功者分封管理在一些南方省份：吴三桂被封为平西王，镇守云南兼辖贵州；尚可喜被封为平南王，镇守广东；耿仲明被封为靖南王，他去世后又将其子耿继茂袭封，镇守福建，上述三方势力合称为“三藩”。当时，“三藩”在所镇守的省份权力相当的大，远远超过当地那些地方官员，因为他们不仅可以掌控当地军队，还可以掌控税赋等。

清廷入关后，面对偌大的国土和频繁的战事，八旗兵力出现严重不足。为了能够与那些农民起义军，还有南明小朝廷进行对抗，清廷不得不采取一些措施。在当时看来，只有依靠明朝的降官降将来充当前驱，从事招抚工作以及武力镇压。在那些降官降将中，对清朝贡献最大的便是孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂他们四人，他们也因此得到了相应的回报，清廷特意封他们四人为王；而他们各自所率领的军队也成为了八旗以外的一支不容小觑的重要力量。

经过20年的不懈斗争，那些坚决抗清的农民军终于抗不住了，南明小朝廷的腐朽政权也日渐垮台了。这时候，清廷的压力小了不少，于是又把八旗的基本力量放置在北方，而对于南方各省，就暂时交由吴三桂等人去镇夺。值得一提的是，在“三藩”之外，还有一个孔有德。但孔有德在与农民军李定国作战时，因为战败自杀于桂林，而他唯一的儿子也被李定国所杀。他们一家仅有一女孔四贞幸存下来，而孔四贞又是孙延龄的妻子，孙延龄的父亲孙龙曾经又是孔有德的手下将领。所以，清廷就以孙延龄为将军代领其众，驻守在桂林。如此一来，“三藩”便各拥重兵，久据数省。

据说，平南、靖南二藩各拥有兵力15佐领，绿营兵各六七千，丁口各2万；平西王吴三桂所属兵力53佐领，绿营兵12000人，丁口数万。吴三桂初镇云贵时，清廷曾准予便宜行事，但他自恃势重，不仅大量圈占民田，又借疏河修城，广征关市，开矿鼓铸，垄断其利。耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，又广集宵小之徒。而尚可喜又在广东令其部属私充盐商，又私市私税；在他年老多病之时，又将其兵事交其子尚之信。至此，“三藩”各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。

在这样的境况下，玄烨决定撤藩。其实早在清世祖福临去世时，吴三桂就拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避。当时清廷就有心理准备，怕吴三桂会趁机发生叛变，于是命其在城外张棚设奠，礼成即去。玄烨亲政数年之后，对朝廷中外的利害和前代藩镇的得失都已经做到心中有数，他曾说:“朕听政以来，以‘三藩’及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上。”后来，玄烨在一个合适的机会，命吴三桂将其所管的各项事务交出，并责令云、贵两省督抚来管理。没想到，不识相的云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深居然一同向玄烨请命，请求平西王吴三桂仍总管滇黔一切事务。玄烨以吴三桂欠佳为理由，一口回绝了。

康熙十二年(1673年)三月，平南王尚可喜主动请辞，要回老家辽东养老，并让留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣的集议，他们一致认为，尚之信嚣张跋扈、罔利恣行，实在难以留镇广东。玄烨听闻后，遂诏令尽撤全藩。吴三桂和耿精忠二人得知后，内心开始不安起来，于是在同年七月，他们先后疏请撤兵，意图试探朝廷意旨。之后，玄烨便召开议政王大臣会议，大学士索额图、图海等人都认为“三藩”不可迁移，唯有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等人力请徙藩。纠结之下，玄烨又命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，可是诸王以下者的意见依然各不统一，实在难以决断。

玄烨冷静了半晌，他考虑到藩镇久握重兵，势力颇大，非国家之利。同时，他认为，吴三桂和朝廷对立已久，“撤亦反，不撤亦反。不若及今先发，犹可制也”。于是，玄烨力排众议，毅然决定同意撤藩。然而，吴、耿二人疏请移藩，并不是他们的本意，实在是形势所迫。吴三桂原本以为玄烨会慰留他，没想到玄烨真的“成全”了他们，同意他们移藩。所以，当吴三桂等人接到撤藩的命令时，一时间气急败坏。随后，吴三桂便暗中指令死党，向撤藩使者请愿，并要求停止撤藩；继而又拖延时日，与心腹将领密谋发动一场叛乱。

康熙十二年（1673年）八月，清廷命礼部侍郎哲尔肯等人奔赴云南，户部尚书梁清标等人奔赴广东，吏部侍郎陈一炳等人奔赴福建，他们各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩的相关事宜。九月，清廷命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时，吴三桂与其党羽正在不分昼夜地加紧密谋。侍郎哲尔肯、学士傅达礼等人既至云南，催促他们起行。可是，吴三桂表面上同意立即起行，但却又多次找各种理由来延期。

康熙十三年（1674年）十一月，吴三桂终于策划好了一切，开始动手了。他先是杀害了云南巡抚朱国治，紧接着又拘捕了按察使以下不顺从的官员。此外，他还发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。更有甚者，他还佯称拥立“先皇三太子”，打起了“复明”的旗号，一场大规模的三藩之乱由此开始，并分为以下三个阶段：

康熙十二年（1673年）十一月至康熙十五年（1676年）四月。由于战乱不断扩大，吴三桂兵出三贵，进据湖南澧州、常德、岳州、长沙等地；清军云集荆州、武昌、宜昌等地，但不敢轻易渡江撄其锋。孙延龄叛于广西桂林，罗森、郑蛟麟、吴之茂三人叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经（郑成功的长子）渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌（今陕西）。一时间，四方震动、人心动摇。玄烨听闻后，焦急万分，准备御驾亲征，可是经议政内大臣密议之后，纷纷谏言不能前去。当时，清军东征西讨，才会出现顾此失彼的局面。随后，尚之信又叛于广东，总督、巡抚俱附之，清廷又增兵两江（江南省和江西省）。

康熙十五年五月至康熙十七年（1678年）七月。清军的形势才逐渐有所好转，王辅臣败降平凉。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降，尚之信也相继投降。孙延龄又在桂林被吴世璠（吴应熊的嫡长子）杀害。于是，清军集中所有兵力进逼长沙、岳州等地，吴三桂则聚众固守；两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。

康熙十七年八月至康熙二十年（1681年）十月。那年，吴三桂已经74岁了，按理说应该到了享清福的年龄了，可是吴三桂却是个例外，依然征战沙场。清兵的连续反击，挫败了吴三桂的锋锐，为了鼓舞士气、挽救危局，稳定军心、民心，吴三桂于康熙十七年三月初一，在衡州称帝，国号大周。虽然他已称帝，但依然未能改变叛军的困境。

同年秋天，吴三桂因病去世，形势变得更加严峻起来，叛军失去了首领，众心散乱并逐渐瓦解。随后，他的孙子吴世璠便继承了他的帝位。清军听闻叛军的境况，立即发动进攻。从此，叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步被清军攻陷。但是，马宝、胡国柱等叛军仍然困兽犹斗、节节顽抗。又折腾了两年多，清军才进逼云南；终于在康熙二十年末，成功围攻了省城昆明。被逼之下，吴世璠自杀，余众出降。就这样，一场席卷10省、长达8年的“三藩”叛乱终于被平息了。