清朝初年，我国北方的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西厄鲁特蒙古三大部落。而漠西厄鲁特又被称为卫拉特，它分为四部：即和硕特（游牧于今新疆乌鲁木齐地区）、准噶尔（游牧于今伊犁河流域）、土尔扈特（游牧于今新疆塔城地区）、杜尔伯特（游牧于今额尔齐斯河流域）。在这四部中，属准噶尔部的势力最强。因为准噶尔曾先后兼并土尔扈特部以及和硕部的牧地，迫使土尔扈特人转牧于额济勒河（今伏尔加河流域）。而和硕特部落的部分民众迁入青海，部分民众则西迁，进入伏尔加河流域。

康熙时期，准噶尔部由噶尔丹执政。他执政后，首先吞并了新疆境内的杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部，紧接着进占青海的和硕特部，最后又攻占了南疆维吾尔族聚居的诸城。随着准噶尔势力范围的不断扩大，噶尔丹分裂割据的野心日益膨胀起来。而当时也正是沙皇俄国疯狂向外扩张的时期，为了达到侵略中国西北边疆的罪恶目的，沙俄开始不断地对噶尔丹进行拉拢利诱。

原来，自沙俄在雅克萨失败以后，他们并不甘心，一直耿耿于怀。就在《尼布楚条约》签订的第二年，在沙俄的不断唆使下，噶尔丹野心勃勃，先是兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。谁曾想，漠北蒙古如此不堪一击，很快就被噶尔丹击败了。走投无路之下，几十万漠北蒙古人逃到漠南蒙古，请求清朝政府给予保护。玄烨听闻后，第一次派使者面见噶尔丹，要求他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹仗着有沙俄撑腰，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，开始大举进犯漠南蒙古。

这下可惹怒了玄烨，他立即召集大臣商议此事，在会议上宣布由他亲征噶尔丹。他认为，噶尔丹这个人气焰如此之旺，野心也不小，日后肯定还会干出其他出格的事情。他既然能打进来，肯定清廷一定要反击。康熙二十九年（1690年），玄烨率兵亲征，他决定兵分两路：左路由抚远大将军，即由二哥福全率领，出古北口；右路由安北大将军，即由弟弟常宁率领，出喜峰口。玄烨则亲自带兵在后面指挥。右路清军最先跟噶尔丹军队交战，最后打了败仗。噶尔丹气势汹汹、长驱直入，一直打到距离北京只有700里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）。此时，屡次夺胜的噶尔丹更加得意洋洋，居然还派使者向清军交出他们的仇人。

玄烨征战沙场多年，什么惊险的场面没见过，当然不会就这样答应噶尔丹的要求。他又再次命令二哥福全率兵进行反击，而噶尔丹早已将几万骑兵集中在大红山下，他挑选的这个地方，前面有河流阻挡，后面有树林掩护，可见噶尔丹有多狡猾。不仅如此，噶尔丹还弄来上万只骆驼，将其四脚都束缚住，让它们躺在地上。然后又在每只骆驼背上压箱子，并用湿毡毯裹住，摆成一个长长的驼城。这个驼城到底是用来干什么的呢？后来才得知，原来他们是想在那箱垛中间射箭放枪，以阻止清军进攻，可见噶尔丹有多阴险。幸好，清军没那么笨，他们用火炮火枪对准驼城的一段，开始集中轰击，一时间炮声隆隆、震天动地，很快驼城就被炸开了一道缺口。这时候，清军的步兵骑兵才一起冲杀过去。福全又派兵绕出山后进行夹击，把叛军杀得七零八落。噶尔丹一看形势对自己很是不利，情急之下，他立即派一个喇嘛到清军表示求和。福全一面停止追击，一面派人向玄烨请示；玄烨下令说：“快进军追击，别中了贼人的诡计。”果然，福全中了噶尔丹的缓兵之计，等福全奉命继续追击时，噶尔丹早已带着残兵败将，逃到漠北去了。

噶尔丹回到漠北后，他们表面上向清廷表示屈服，暗地里却在昼夜不停地招兵买马，想要重振旗鼓。康熙三十三年（1694年），玄烨第二次约噶尔丹会面，并打算与他订立盟约。噶尔丹不但不肯听从玄烨的诏令，还暗地里派人到漠南捣乱。不仅如此，他还扬言已经向沙俄政府借到鸟枪兵6万，将会大举进攻蒙古各族。各部亲王得知噶尔丹很快就要来进攻他们部落，顿时乱了方寸，纷纷向玄烨求援。

康熙三十五年（1696年），玄烨第二次亲征，这一次他决定兵分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费杨古率陕西、甘肃兵将，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；玄烨亲自带中路军，从独石口（今河北赤城县）出发。在出发之前，三路大军都提前约好了时间，对噶尔丹进行环形夹攻。当玄烨率领的中路军到达科图时，遇到了敌军前锋。这时，东、西两路军还没到达。正当两军对峙时，有一位将士说：“听说沙俄要出兵帮助噶尔丹。”随行的一些大臣听完这句话，稍稍有点恐惧。于是，有一位大臣主动规劝玄烨班师回京。玄烨气愤地说：“朕这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代？再说，朕中路一退，叛军全力对付西路，西路不是很危险了吗？”

为了激烈将士们的士气，玄烨决定继续带头进兵克鲁伦河，并且派使者第三次会见噶尔丹，并将玄烨亲征的消息告诉了噶尔丹。噶尔丹站在山头张望，看到玄烨黄旗飘扬、军容整齐，被清军的阵势吓着了，准备连夜拔营撤退。这一回，玄烨吸取前两次的教训，一面派兵追击，一面又快马加鞭通知西路军大将费扬古，要他们在半路截击噶尔丹。顽固的噶尔丹率兵奔走了5天5夜，在到达昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）时，撞见了费扬古的军队。昭莫多历来是漠北的战场，这里曾经是一片大树林，前面有一个开阔地带。费扬古按照玄烨的部署，提前命人在树木繁茂的地方设下埋伏，他先派先锋400人诱战。一边战，一边退，一步步把叛军引到埋伏圈。清军下马布战，随着号角声响起，他们一跃上马，首先占据山顶。中计后的叛军顿时恼羞成怒，疯狂地向山顶发起进攻。清军也不甘示弱，从山顶不停地放箭发枪，与叛军展开了一场激战。随后，费扬古又派出一队人马在山下袭击叛军。在清军的前后夹击下，叛军死的死，降的降。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵再次脱逃。

经过两次大战，噶尔丹元气大伤。玄烨要噶尔丹投降，然而顽固不化的噶尔丹依然不肯就犯。康熙三十六年（1697年）二月，玄烨第三次带兵渡过黄河，准备亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已被他的侄儿策妄阿那布坦夺取。他的左右亲信听说清军来到，一个个都吓破了胆，纷纷表示投降。噶尔丹终于走投无路了，但他不想苟活于世，于是服毒自杀。

至此，噶尔丹发动的叛乱，历时8年，终于被彻底粉碎了。从此以后，清廷重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，并赐予当地蒙古贵族各种封号和官职；同时，清廷又在乌里雅苏台设立将军，以统辖漠北蒙古。